ยุคโจมงตอนต้นและตอนกลางนั้นมีการขยายตัวของประชากรอย่างมาก ซึ่งเห็นได้จากปริมาณของหลักฐานที่ขุดพบได้จากสองยุคนี้ ทั้งสองยุคดังกล่าวสอดคล้องกับกับช่วงภูมิอากาศร้อนสุดในยุคโฮโลซีน (ระหว่าง 4,000 ถึง 2,000 ปีก่อนคริสต์ศักราช) ซึ่งอุณหภูมิเฉลี่ยขึ้นสูงกว่าปัจจุบันหลายองศาเซลเซียส และระดับน้ำทะเลสูงกว่าปัจจุบันประมาณ 5 ถึง 6 เมตร งานศิลปะที่งดงามเช่นภาชนะดินเผารูปเปลวไฟซึ่งประดับประดาอย่างซับซ้อนนั้นเกิดขึ้นในยุคนี้ หลังจาก 1,500 ปีก่อนคริสต์ศักราช ภูมิอากาศเริ่มเย็นลง และประชากรเริ่มหดตัวลงอย่างมาก การค้นพบแหล่งทางโบราณคดีหลัง 1,500 ปีก่อนคริสต์ศักราชมีจำนวนน้อยลง

เมื่อถึงช่วงท้ายของยุคโจมง ได้มีการเปลี่ยนแปลงอย่างสำคัญเกิดขึ้นในแง่โบราณคดี โดยการเพาะปลูกและเก็บเกี่ยวได้พัฒนาจากแบบเริ่มต้นมาเป็นนาข้าวแบบซับซ้อนและเกิดระบบการปกครองขึ้น องค์ประกอบอื่น ๆ หลายอย่างของวัฒนธรรมญี่ปุ่นอาจนับย้อนไปได้ถึงยุคนี้ด้วยเช่นกัน ซึ่งสะท้อนถึงการอพยพเข้ามาผสมปนเปกันของชาวแผ่นดินใหญ่จากเอเชียตอนเหนือและชาวแปซิฟิกตอนใต้ องค์ประกอบเหล่านั้นมีทั้งเทพปกรณัมชินโต ประเพณีการแต่งงาน ลีลาทางสถาปัตยกรรม และความก้าวหน้าทางเทคโนโลยี เช่น ภาชนะเคลือบเงา สิ่งทอ คันธนูที่ทำโดยการอัดไม้ต่างชนิดเข้าด้วยกัน งานโลหะ และงานแก้ว

ยุคหลัก ๆ

ยุคโจมงตอนต้น (4,000 - 3,000 ก.ค.ศ.) :

• ฮะนะซุมิล่าง
• เซะกิยะมะ
• คุโระฮะมะ
• โมะโระอิโซะ เอ, บี, ซี
• จูซันโบะดะอิ

ยุคโจมงตอนกลาง (3,000 - 2,000 ก.ค.ศ.) :

• คะสึซะกะ/โอะตะมะดะอิ
• คะโซะริ อี 1
• คะโซะริ อี 2

ยุคโจมงตอนปลาย (2,000 - 1,000 ก.ค.ศ.) :

• โชะเมียวจิ
• โฮะริโนะอุจิ
• คะโซะริ บี 1
• คะโซะริ บี 2
• อังเงียว 1

ยุคโจมงท้ายสุด (1,000 - 400 ก.ค.ศ.) :

• อังเงียว 2
• อังเงียว 3